Hrvatski institut za istraživanje mozga (HIIM) jedna je od glavnih istraživačkih i nastavnih jedinica Medicinskog fakulteta.
Sadašnji direktor Instituta je profesor Miloš Judaš.
Trenutno su na Institutu aktivne sljedeće organizacijske jedinice:

ODSJECI U SKLOPU ZAVODA ZA NEUROZNANOST (predstojnik prof. dr. sc. Goran Šimić):

Odsjek za razvojnu neuroznanost (pročelnik doc. dr. sc. Goran Sedmak)

• Laboratorij za neurohistologiju i kemijsku neuroanatomiju (voditelj prof. dr. sc. Mario Vukšić)
• Laboratorij za razvojnu neuropatologiju (voditelj prof. dr. sc. Goran Šimić)
• Laboratorij za neuromorfometriju (voditelj prof. dr. sc. Zdravko Petanjek)
• Laboratorij za imunohistokemiju (voditeljica prof. dr. sc. Nataša Jovanov Milošević)
• Laboratorij za konfokalnu mikroskopiju (voditelj prof. dr. sc. Mario Vukšić)
• Laboratorij za molekularnu neuroznanost (voditelji prof. dr. sc. Miloš Judaš i prof. dr. sc. Nenad Šestan)
• Laboratorij za neurogenomiku i in situ hibridizaciju (voditeljica doc. dr. sc. Željka Krsnik)

Odsjek za neurogenetiku, medicinsku genetiku i regenerativnu neuroznanost (pročelnik prof. dr. sc. Srećko Gajović)

• Laboratorij za regenerativnu neuroznanost (voditelj prof. dr. sc. Srećko Gajović),
• Laboratorij za neurogenetiku i razvojnu genetiku (voditelj doc. dr. sc. Marija Ćurlin)
• Laboratorij za medicinsku genetiku (v.d. voditeljice dr. sc. Martina Rinčić)
• Laboratorij za matične stanice (voditelj doc. dr. sc. Dinko Mitrečić).

Odsjek za elektronsku mikroskopiju (pročelnik doc. dr. sc. Dinko Mitrečić)

Odsjek za biokemiju i molekularnu biologiju (pročelnik prof. dr. sc. Hrvoje Banfić)

• Laboratorij za druge glasnike (voditelj prof. dr. sc. Hrvoje Banfić)
• Laboratorij za radioaktivne nuklide (voditeljica doc. dr. sc. Vladiana Crljen)
• Laboratorij za staničnu biologiju (voditeljica prof. dr. sc. Dora Višnjić)
• Laboratorij za molekularnu neurobiologiju i neurokemiju (voditeljica prof. dr. sc. Svjetlana Kalanj-Bognar)
• Laboratorij za neuroonkologiju (voditeljica prof. dr. sc. Nives Pećina-Šlaus)

Odsjek za neurofiziologiju (pročelnik prof. dr. sc. Marijan Klarica)

• Laboratorij za neurofiziologiju i whole cell patch-clamp (voditeljica prof. dr. sc. Aleksandra Sinđić)
• Laboratorij za neuropatofiziologiju likvora (voditelj prof. dr. sc. Marijan Klarica)
• Laboratorij za eksperimentalnu neurokirurgiju (voditelj doc. dr. sc. Darko Chudy)

OSTALI ODSJECI HIIM-a:

Odsjek za psihofarmakologiju i neurobiologiju ponašanja (pročelnik prof. dr. sc. Neven Henigsberg)

• Laboratorij za neurofarmakologiju ponašanja (v. d. voditeljice Petra Kalember, dr. med.)

Odsjek za kliničku primjenu neuroznanosti (pročelnik prof. dr. sc. Božo Krušlin)

Odsjek za slikovni prikaz mozga (pročelnik prof. dr. sc. Marko Radoš)

• Laboratorij za funkcionalno oslikavanje mozga (voditelj doc. dr. sc. Milan Radoš)

Odsjek za laboratorijske životinje (pročelnica prof. dr. sc. Nataša Jovanov Milošević)

Odsjek „Zagrebačka neuroembriološka zbirka i Banka tkiva“ (pročelnik prof. dr. sc. Zdravko Petanjek)

• Laboratorij za digitalnu obradu preparata Zagrebačke neuroembriološke zbirke (voditeljica doc. dr. sc. Željka Krsnik)

Odsjek za razvojnu kognitivnu neuroznanost (pročelnik prof. dr. sc. Neven Henigsberg)

• Laboratorij za istraživanje dječje komunikacije (voditeljica doc. dr. sc. Maja Cepanec)
• Laboratorij za razvojnu kognitivnu psihologiju (o.d. voditeljice dr. sc. Mirna Kostović-Srzentić)
• Laboratorij za razvojnu neurologiju (voditeljica prof. dr. sc. Nina Barišić)
• Laboratorij za EEG i evocirane potencijale (o.d. voditelja Goran Ivkić, dr. med.)

PRIDRUŽENI LABORATORIJI HIIM-a (predstavnica prof. dr. sc. Melita Šalković-Petrišić):

• Laboratorij za molekularnu neurofarmakologiju (voditeljica: prof. dr. sc. Melita Šalković-Petrišić)
• Laboratorij za viscerokranijske interakcije (voditelj: prof. dr. sc. Predrag Sikirić)
• Laboratorij za molekularnu imunologiju (voditeljice prof. dr. sc. Danka Grčević i doc. dr. sc. Nataša Kovačić)

Ekstramuralni laboratoriji i suradni odsjeci:

• Laboratorij za neurokemiju i molekularnu neurobiologiju, Institut Ruđer Bošković (voditelj: dr.sc. Lipa Čičin-Šain)
• Laboratorij za genotoksične agense (voditeljca prof.dr.sc. Maja Osmak)
• Laboratorij za gensku regulaciju (voditeljica dr.sc. Mary Sopta)
• Prirodoslovno-matematički fakultet, Odsjek za biologiju, Odjel za animalnu fiziologiju (prof.dr.sc. Dubravka Hranilović)

U HIIM-u je također sjedište sljedećih pridruženih i suradnih ustanova i/ili udruga:

• Hrvatsko društvo za neuroznanost (HDN)
• Centar za kliničku primjenu neuroznanosti
• Poliklinika «Neuron»
• Centar za istraživanje perinatalnog porijekla neuroloških i kognitivnih poremećaja
• Centar za mentalno zdravlje (u suradnji s Medicinskim fakultetom i KBC Zagreb)

Zajedničke službe:

• Ured direktora i Tajništvo
• Knjižnica
• Dormitorij