Dana 11. prosinca 2015. godine Hrvatski institut za istraživanje mozga postao je sjedište novoproglašenog Znanstvenog centra izvrsnosti za temeljnu, kliničku i translacijsku neuroznanost. Voditelj ZCI-a je prof.dr.sc. Miloš Judaš redoviti profesor u trajnom zvanju anatomije i neuroznanosti. U radu ZCI-a sudjeluje preko 60 istraživača iz 12 partnerskih institucija: Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Klinički bolnički centar Zagreb, Klinička bolnica Dubrava, Psihijatrijska bolnica Vrapče, Medicinski fakultet Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Edukacijsko-rehabilitacijski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Veterinarski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Zdravstveno veleučilište u Zagrebu, Institut Ruđer Bošković, Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet Sveučilišta u Zagrebu i Filozofski fakultet Sveučilišta u Zagrebu.

Istraživači uključeni u rad ZCI-a su vodeći Hrvatski stručnjaci iz područja neuroznanosti s jasnom međunarodnom prepoznatljivošću, a što je vidljivo iz činjenice da su objavili više od 1400 znanstvenih publikacija koje su citirane više od 18.500 puta, a h-indeks ZCI-a iznosi 60 (prema podacima dostupnim u bazi podataka Web of Science Core Collection). U posljednjih pet godina (od 2010.) istraživači uključeni u rad ZCI-a objavili su preko 250 publikacija u znanstvenim časopisima prve i druge kvartile koji su citirani više od 1.600 puta. ZCI surađuje s mnogim vodećim svjetskim sveučilištima i institutima kao što su: Yale University (S.A.D.), The Johns Hopkins University (S.A.D.), Univerity of Texas Southwestern Medical Centre (S.A.D.), Mount Sinai School of Medicine New York (S.A.D.), McGill University (Kanada), Montreal Neurological Institute (Kanada), Goethe Universität Frankfurt am Main (Njemačka), Max Plack Institute (Njemačka), Université de Genève (Švicarska), Univerität Wien (Austrija), INSERM Marseille (Francuska), King's College London (U.K.), Université Libre de Bruxelles (Belgija), itd.

U istraživačkom programu ZCI-a Hrvatski institut za istraživanje mozga služi kao središnja točka nacionalne mreže za integriranje, usmjeravanje i unapređenje inovativnog i translacijskog pristupa ranoj detekciji, liječenju, procjeni ishoda, te rehabilitaciji pacijenata koji su pretrpjeli raznolika oštećenja mozga. Rad centra temelji se na preporukama američkog nacionalnog instituta za zdravlje „NIH Brain 2025 Intiative“ kao što su:

1. usporedno provoditi studije na ljudima i eksperimentalnim životinja u svrhu bolje interpretacije dobivenih rezultata
2. premostiti granice kroz interdisciplinarnu suradnju
3. integrirati pojave na vremenskoj i prostornoj ljestvici
4. uspostaviti zajedničku platformu za korištenje dostupnih podataka
5. validacija i diseminacija novih tehnologija i metoda

Znanstvena istraživanja koja se provode u sklopu ZCI-a imaju dva glavna cilja: razvoj novih eksperimentalnih modela za proučavanje razvoja i poremećaja rada središnjeg živčanog sustava i iskorištavanje inovativnih pristupa za ranu dijagnostiku, praćenje, liječenje i rehabilitaciju djece i odraslih s hipoksijsko-ishemijskih oštećenjima mozga. Ovaj program kombinira temeljna i klinička istraživanja, a hipoksijsko-ishemijska oštećenja mozga su glavna poveznica svih istraživačkih skupina. Istraživanja se odvijaju u šest glavnih smjerova, tj. istraživačkih skupina:

1. Razvojno porijeklo neuropedijatrijskih poremećaja nakon perinatalne hipoksijsko-ishemijske lezije mozga
2. Novi biomarkeri starenja, Alzheimerove bolesti, vaskularne demencije i moždanih stanja s rezistencijom na inzulin
3. Klinička i eksperimentalna istraživanja cerebralnih hipoksijsko-ishemijskih i hemoragijskih lezija, te njihovog odnosa s promjenama kretanja tlaka i intrakranijskih tekućina
4. Predkliničke studije hipoksijsko-ishemijskih lezija u eksperimentalnim modelima na glodavcima
5. Kognitivna i lingvistička analiza jezičnih poremećaja i oporavka nakon hipoksijsko-ishemijske lezije mozga
6. Inovativni biomarkeri terapijskog odgovora u bolesnika s mentalnim poremećajima.

Istraživački program ZCI-a je interdisciplinaran i multidisciplinaran jer kombinira različita polja temeljne neuroznanosti (neuroanatomija, neurohistologija, neuroembriologija, neuropatologija, molekularna neurobiologija, genetika i genomika, neurokemija, neurofarmakologija) te kliničke neuroznanosti (neurologija, pedijatrijska neurologija, neuroradiologija, psihijatrija, neurorehabilitacija, perinatologija), a dijelom je i transdisciplinaran jer povezuje s jedne strane neuroznanost s veterinarskom medicinom, a s druge strane s društvenim i humanističkim znanostima (psihologija, logopedija, rehabilitacija, lingvistika).

            Status Znanstvenog centra izvrsnosti dodijeljen je na vremensko razdoblje od 5 godina, s mogućnošću produljenja. Sredstva za rad ZCI-a ostvaruju se iz sredstava Državnog proračuna putem Ministarstva Znanosti, Obrazovanja i Sporta, sredstava Europske Unije posredstvom Ministarstva Znanosti, Obrazovanja i Sporta, te prijavom na druge domaće i međunarodne fondove i kompetitivne projekte.